在一項新的研究中，來自美國休斯頓大學的研究人員努力讓T細胞免疫療法更加安全，他們開發了一種名為CrossDome的工具，該工具結合遺傳信息和生化信息來預測T細胞免疫療法是否可能錯誤地攻擊健康細胞。相關研究結果于2023年6月12日發表在Frontiers in Immunology期刊上，論文標題為“CrossDome: an interactive R package to predict cross-reactivity risk using immunopeptidomics databases”。
基于T細胞的免疫療法在抗擊癌癥和傳染病方面有著巨大的潛力，因為它們有能力專門靶向病變細胞，包括癌癥轉移。然而，由于它可能識別健康細胞的未知靶標，這種潛力受到了安全問題的影響。
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在一種情形下，科學家們構建了特殊的T細胞，它們被認為靶向一種在稱為黑色素瘤的皮膚癌中發現的蛋白。然而，這些T細胞最終也攻擊了在一些患者的心臟細胞中發現的一種不同的蛋白。這對心臟造成了嚴重損害。
論文通訊作者、休斯頓大學計算生物學助理教授Dinler Antunes說，“我們的CrossDome工具有助于預測基于T細胞的免疫療法的潛在風險。它使用不同類型的信息（稱為多組學）的組合來進行預測，并確定這種療法除了靶向預定的病變細胞之外，是否可能意外地傷害健康細胞。通過分析多種因素，CrossDome為基于T細胞的免疫療法的安全性提供了新的見解，并可能幫助科學家們開發更安全的治療方法。”
圖片來自Frontiers in Immunology, 2023, doi:10.3389/fimmu.2023.1142573。
為了測試CrossDome的有效性，Antunes和Altunes實驗室博士后Andre F. Fonseca用它來預測16個廣為人所知的T細胞交叉反應病例中的潛在錯誤，包括黑色素瘤-心臟損害病例。該工具成功地將一種心臟蛋白確定為T細胞的潛在靶標，在數以千計的其他蛋白中把它列為高風險的候選靶標。
為了加強這些研究結果，Antunes結合了來自不同功能數據集的信息，以幫助評估某些基因的表達量，以及它們與某種名為HLA的分子結合的可能性，從而引發免疫反應。Antunes說，“這些信息幫助我們決定哪些潛在的非靶標基因值得在實驗中測試。”
CrossDome的用戶可以是技術用戶，也可以是非技術用戶。它的功能允許那些知道如何編碼的人進行更高級的控制，同時也為那些沒有編碼經驗的人提供了易于使用的界面。（生物谷 Bioon.com）
參考資料：
1. Andre F. Fonseca et al. CrossDome: an interactive R package to predict cross-reactivity risk using immunopeptidomics databases. Frontiers in Immunology, 2023, doi:10.3389/fimmu.2023.1142573.
2. New tool predicts if immunotherapy will mistakenly attack healthy cellshttps://medicalxpress.com/news/2023-06-tool-immunotherapy-mistakenly-healthy-cells.html
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